1951年1月，交通部在位于南京白下路复兴巷内的原国民政府的新建还未完工的立法院立法委员宿舍，开办了数期的南京海员训练班。

　　1953年2月，南京海员训练班更名为中国海员干部学校，主要轮训在职船员骨干与工会干部。

　　1956年，对外招生，改名南京初级航海学校，由交通部上海海运管理局主管。

　　1957年，上海后备海员技术学校并入南京初级航海学校。后更名为南京海运工人技术学校。

　　1964年5月，学校划归交通部远洋运输局主管，改名为南京远洋海员学校，重点培养远洋船员。

　　1956年12月，南京河运工人技术学校创建。由长江航运管理局上海分局领导，主要为长江下游培养江海航运人才。

　　1958年4月，武汉河运工人技术学校（部分）并入南京河运工人技术学校。改名为长江航运管理局南京航运学校。同年5月，又改为南京长江航运学校，学校性质为中专，招收初中毕业生，学制四年，隶属长江航运局上海分局领导。

　　1962年，南京长江航运学校更名为南京长江航运技工学校。更名为南京河运技工学校。

　　1965年，实行半工半读，学制改为四年，11月，学校更名为南京河运学校。

　　2003年7月，经江苏省人民政府批准，原南京海运学校和原南京航运学校合并组建江苏海事职业技术学院。

　　2015年5月，学校以优秀成绩通过省教育厅、财政厅组织的省级示范院校验收。

　　2016年11月，学校与南京港（集团）有限公司联合组建的江苏海事职业技术学院南京港口学院成立。

　　截至2020年3月，学校共有国家骨干专业7个，央财支持服务产业发展能力专业3个，交通部示范点专业3个，省级品牌特色专业18个，省级品牌培育专业达到18个，省重点专业群4个，学校建有国家级教学资源库1个。

　　中央财政重点支持建设专业：航海技术轮机工程技术、船舶工程技术船舶电气工程技术船舶电子电气技术方向）

　　江苏省示范院校重点建设专业：航海技术轮机工程技术、船舶工程技术、船舶电气工程技术（船舶电子电气技术方向）、软件技术

　　江苏省重点建设专业群：船舶制造技术专业群、通信与软件专业群、航海技术专业群、港口与航运业务专业群

　　中央财政支持的实训基地：船舶工程实训基地、船舶电气工程技术实训基地、航海技术专业技能训练评估基地

　　截至2020年3月，学校荣获国家级教学成果奖二等奖3项，省级教学成果奖特等奖2项，一等奖7项，交通运输部教学成果奖特等奖1项。

　　国家级教学成果奖：技术导向·项目驱动·平台支撑——船舶与海工类应用创新人才培养探索与实践、“3+1+N”公铁水游学：复合型物流人才培养的创新与实践、基于TQM理念、对接企业需求，国际化航海人才培养体系的探索与实践

　　省级教学成果奖：项目引领，平台支撑，科教融合——培养船舶与海洋类应用型创新人才、基于TQM理念、对接企业需求，国际化航海人才培养体系的探索与实践等

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